Puh. Wenn der mc das nicht von Hause aus mitbringt, koenntest Du auch überlegen, auf dem Windows Server statt des FTP-Servers einen SFTP bzw. SSH-Server zu installieren, wenn Du auf die sichere Übertragung angewiesen bist. Dann kannst Du mit dem Dropbear-scp Dateien hin- und herkopieren (bin nicht ganz sicher, dass der auch sftp kann, aber scp (secure copy über ssh) auf jeden Fall.
Wenn das allerdings sowieso nur im lokalen Netz stattfindet, sehe ich nicht unbedingt einen Sinn darin, ftp mit TLS usw. zu verwenden,