Das weiß ich nicht ... vielleicht kommt das FRITZ!OS beim erneuten Berechnen des "Offsets" für den Startzeitpunkt durcheinander, wenn dieser Vorgang mehrmals erfolgt (weil beim Neuverbinden auch die Zeit mit einem externen NTP-Server neu synchronisiert wird)?
Früher gab es m.W. auch mal eine "Drift" beim Zählen der Zeit (über den internen Zeitgeber), die durch permanenten Vergleich mit einem Zeitnormal (also einem NTP-Server) ermittelt werden konnte und ggf. auch vom "chronyc" permanent gespeichert werden kann (iirc, steht das "driftfile" noch heute in der "chrony"-Konfiguration, auch wenn es nicht mehr im Flash abgelegt wird, sondern in /var/tmp und damit nach dem Neustart auch weg ist).
Vielleicht ist die Box hier der Ansicht, sie hätte eine ausreichend große Abweichung seit der letzten Sychronisation gehabt, um da noch einen Korrekturfaktor dazu- oder abzurechnen - unter Umständen steht auch etwas zur "deviation" im "chrony"-Abschnitt der Support-Datei bzw. etwas zu erfolgten Korrekturen beim Neuverbinden im Debug-Log des "multid" oder "kdsld".
EDIT: Bei den Telefonaten wird die Uhrzeit vermutlich vom "telefon"-Daemon gesetzt und wenn ich mich richtig erinnere, gibt es von dem bzw. für den extra eine Nachricht im Syslog, wenn dessen "Uhrzeit" geändert wird. Was der Auslöser dieser Änderungen ist, weiß ich aus dem Kopf auch nicht, würde aber am ehesten auf eine RPC-Message einer anderen Komponente tippen.